Sistem Pengajian
Sistem pendidikan pengajian pondok amat penting bagi menentukan survival ilmu agama dalam dunia moden yang serba mencabar kini. Sifat berpegang kuat kepada prinsip agama, menghormati institusi Raja Melayu dan budaya khidmat kepada komuniti antara perkara yang ditekankan dalam pengajian warisan Islam ini, selari dengan penekanan adab dalam kehidupan orang Melayu.
Di Pondok Muhammadiah, kami masih mengekalkan sistem pengajian tradisional menggunakan kitab turath bagi mengekalkan identiti pengajian Islam asal. Pengajian tradisional turath ini penting dalam membentuk jati diri khususnya dalam kalangan pelajar agama bagi mempertahankan legasi kesusasteraan Islam yang lahir dalam sejarah perkembangan ilmunya. Kurikulum pengajian di pondok bersifat menadah kitab dari kulit ke kulit. kitab yang digunakan pula adalah kombinasi kitab arab dan jawi, merangkumi bidang ilmu tauhid, feqah, tasawwuf, tafsir, hadis, nahu dan lain-lain.
Terdapat dua (2) aliran pengajian ditawarkan kepada masyarakat di luar sana yang ingin mendalamai ilmu agama, iaitu pengajian Pondok atau Tahfiz Al-Quran. Pengajian ini terbuka kepada lelaki dan perempuan yang cukup syarat jika ingin tinggal di asrama. Manakala bagi orang awam yang berulang-alik dari rumah, ia terbuka kepada semua golongan masyarakat.