Masjid Jami’ Al-Muhammadiah berfungsi sebagai pusat utama aktiviti ibadah, pengajian, dan perkumpulan bagi warga Pondok Muhammadiah serta masyarakat sekitar. Selain menjadi tempat solat berjemaah lima waktu dan solat Jumaat, masjid ini juga menjadi lokasi kuliah harian, pengajian kitab turath, majlis ilmu, seminar, dan daurah bersama ulama jemputan.
Program qiamullail dan tadarus Al-Quran turut dijalankan di sini, selain aktiviti kemasyarakatan seperti kenduri, nikah, dan zikir. Masjid ini bukan sahaja menjadi tumpuan rohani, tetapi juga lambang penyatuan seluruh warga pondok dalam mencari keberkatan ilmu dan amal.
